火影忍者大师大蛇的阵容虽然强大，但在实际使用中仍然存在一些需要注意的弊端。这套阵容的核心在于大蛇丸的奥义技能和被动效果，但依赖特定条件触发，比如需要猿魔在场才能发挥减伤和增伤效果。如果猿魔被敌方快速击杀或控制，整个阵容的防御和输出能力会大幅下降。大蛇丸的追打技能在普通状态下效果一般，只有在猿魔在场时才能发挥夺取普攻的优势，但这种效果容易被敌方提前消耗或针对。
这套阵容的另一个问题是查克拉管理。大蛇丸的奥义需要消耗较多查克拉，而被动技能虽然能减少查克拉消耗，但触发条件较为苛刻。如果敌方有查克拉干扰或限制技能，比如增加奥义消耗的忍者，大蛇丸的节奏会被打乱。阵容中的其他忍者如宇智波止水或千手柱间也需要查克拉支持，容易造成资源分配紧张。尤其是在竞技场或斗祭等高强度对战中，查克拉不足可能导致关键回合无法释放奥义，从而失去主动权。
火影忍者大师大蛇的阵容在解控能力上也存在短板。大蛇丸虽然免疫除封穴外的多数不良状态，但队友可能被控制技能限制，比如目盲或眩晕。如果敌方阵容以控制为主，比如携带夕日红或宇智波鼬，大蛇丸的队友可能无法及时提供支援。阵容缺乏稳定的治疗手段，一旦进入持久战，血量压力会逐渐显现。虽然猿魔能提供少量回复，但效果有限，难以应对高爆发或持续伤害的敌方阵容。
这套阵容对先攻和结界依赖较高。如果敌方先手展开结界或拥有更高先攻值，大蛇丸的被动和火影联协效果可能无法顺利触发。比如千手扉间的结界会限制查克拉恢复，而宇智波斑的结界可能压制大蛇丸的养成能力。阵容中的忍者如宇智波止水虽然养成速度快，但若被敌方优先集火，整体输出会大幅削弱。在搭配时需要额外关注先攻和结界对抗策略，避免陷入被动局面。
合理搭配饰品和辅助忍者，比如选择海兽或灵狐套装提升生存能力，或者加入千手柱间增强团队增益，可以在一定程度上弥补这些短板。实战中需要根据敌方阵容灵活调整策略，才能最大化发挥大蛇丸的核心优势。
