金庸群侠传作为经典武侠RPG游戏，主角可通过多种途径学习各类武功。游戏中的武功主要分为拳掌、剑法、刀法、特殊兵器及内功五大类，每类武功都有其独特的攻击方式和效果。游戏设定每位角色最多可学习10种武功，特殊武功会覆盖已学武功，但总数仍保持11个上限。
拳掌类武功中，野球拳是主角专属武功，练至10级后配合左右互搏可造成560点以上伤害，成为单体最强输出。降龙十八掌攻击距离远且威力达250点，七伤拳作为前期实用武功可在韦小宝处购买。剑法方面，辟邪剑法单体伤害350点但需近身攻击，独孤九剑拥有最大范围AOE效果，玄铁剑法则以220点伤害成为非修改情况下的强力剑法。刀法以霹雳刀法为最强面攻击，特殊兵器类包含银索金铃等独特武功。
内功系统是武功体系的核心支撑，九阴真经、九阳神功等顶级内功需通过特定剧情解锁。北冥神功具备吸取内力特性，易筋经能提升综合属性，玉女心经等门派专属内功有特定加成效果。内功学习受佛法或清心技能限制，佛法值不足将无法继续提升内功等级。部分内功如血海魔功附带25%吸血效果，在高周目战斗中具有战略价值。
武功获取途径主要包括剧情奖励、商店购买、击败敌人掉落和特殊事件。赏善罚恶令、溪山行旅图等关键道具可解锁隐藏武功，道德值影响部分武功的获取条件。五岳剑派推举盟主、闯木人巷等特殊事件可获得独门武功。游戏设定武学精通系统，通过完成任务或获取残章可提升全队对应武功上限，该效果全周目共享。
多周目玩法显著影响武功获取效率，高周目不仅提升残章掉率，还能解锁更多强力武功。炼狱难度下可获得真论剑资格，体验完整武功体系。装备属性对武功威力有直接影响，紫色史诗装备最多附带四项副属性加成。建议根据主角资质和门派特性规划武功学习路线，平衡输出与生存能力，合理利用寒玉床等修炼设施提升效率。
