小蛇丸作为原木叶村的天才忍者，其技能以蛇类召唤、身体改造和禁术为主，因此在秘卷选择上需要重点考虑增强这些方面能力的秘卷。根据实战经验和小蛇丸的秘卷搭配主要围绕召唤术强化、忍术增强和生存能力提升展开，合理的秘卷选择能显著提升其在决斗场中的表现。
小蛇丸擅长召唤蛇类，因此关于召唤大蛇的秘卷是必备选项。三重罗生门作为非常强大的防御性秘卷，能够显著增强召唤兽的防御和攻击效果，适合在抵挡敌方大招后快速反击。百蛇出洞则是攻击型秘卷，通过大量召唤蛇类进行攻击，不但能对敌人造成大量伤害，还能有效控制战场制造混乱。这两个召唤类秘卷都能充分发挥小蛇丸的忍者特性。
蛇脱是一个关键秘卷，能让小蛇丸在危急时刻迅速逃离战场或快速接近敌人，非常适合作为突袭或逃生的手段。食灭作为持续伤害型秘卷，可以提高技能的持续伤害效果，使小蛇丸能够在较长时间内持续削弱敌人的战斗能力。这两个秘卷的搭配可以弥补小蛇丸在技能真空期的弱势。
对于生存能力的提升，转生之术虽然极具争议，但这种技能可以在必要时复活已经倒下的队友，或是召唤强大的已亡忍者对敌人进行攻击。在实际战斗中，使用三重罗生门防住对手大招后，可以快速反击并配合百蛇出洞进行群体攻击，造成对方阵型混乱和大量伤害。这种攻防结合的秘卷搭配策略能最大化小蛇丸的战场影响力。
高级策略方面，逼真假身术是值得掌握的技巧。在使用蛇脱逃避敌方攻击的同时，立即使用影分身术制造假象误导敌人，然后利用食灭从背后发动攻击。这种组合策略需要一定的操作熟练度，但一旦掌握就能极大提升小蛇丸的战斗灵活性。在特定地图如森林环境中，百蛇出洞可以更好地隐藏召唤的蛇群，给敌人造成突然袭击。
